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袁崇焕指挥这个战役很有儒将风度，坐轿子在城头敌楼中督战，打了胜仗之后，派使者送礼物给努尔哈赤，颇有《三国演义》中诸葛亮与周瑜羽扇纶巾、谈笑用兵的气派；也似南朝梁朝大将韦叡临阵时轻袍缓带，乘舆坐椅，手持竹如意指挥军队。韦叡身子瘦弱，但战无不胜，敌军畏之如虎，称为“韦虎”。不过到了当真危急之时，袁崇焕也不能再扮儒将了，只得以“蛮子”姿态来死拚。
[1]见李光涛〈清入关前之真象〉。但此节不见于其他记载，不知李先生有何根据。
[2]《清太祖实录》卷十。
[3]据日人稻叶君山《清朝全史》中所引述朝鲜使者当时在宁远城头的目睹记。
[4]据《胪天颂笔》。
[5]据计六奇《明季北略》中引宁远围城时在鼓楼前开店的一名花椒商人所述。
[6]据梁启超《袁崇焕传》。该传中叙述清兵败退后，“崇焕复开垒袭击，追北三十余里，清军大乱，死者逾万人。”与其他资料不符，今不取。
[7]袁崇焕〈祭觉华岛阵亡兵将文〉：“慨自战守乖方，屡失疆土，天子赫然震怒，调南北水陆舟师，谓尔乘船如马，遂调之来为进取也。据尔等间关远至，岂不欲灭此朝食，一航而金瓯复归，再航而黄龙扫哉？奈未尽其用而敌即来。冱寒之月，冰结舟胶，窘尔之所长，乌得不及于难？说者谓谋之不臧。不臧固不臧矣，然排山倒海之势，以十八万而临数千之水卒，即臧可奈何？而尔等计无复之，愤然以死，略无芥蒂，视当年之弃曳倒奔者，加一等也。人之罪至死而免，人之品至死而定。今将略尔罪而嘉乃忠，请命于天子，谅为之恤，所以不没汝等者，良有在也。吁嗟，巨浪茫茫，空山寂寂，皆汝等忠灵之所栖荡也，望故乡以何日？即转劫而无期，苒苒游魂，何不相结为厉，歼雠泄愤？在生之志，藉死以伸，则虽死之日，犹生之年也，尔其勉之。不腆之奠，涕与俱之。尚飨。”
[8]清人所修的《明史·袁崇焕传》中说：“我大清举兵所向，无不摧破。诸将罔敢议战守。议战守自崇焕始。”
六
当朝中得到清兵大举来攻的讯息时，百官惊惶之极。兵部尚书王之光与廷臣商议，人人束手无策，以为这一次宁远一定要失了，不知山海关是否能保得住。山海关若失，清兵便到北京。后来得到捷报，朝野自然喜出望外，谢天谢地。
高第因不援宁远而免职，以王之臣代。袁崇焕升为右佥都御史。那是正四品的官。
三月，复设辽东巡抚，由袁崇焕升任。魏忠贤见他地位重要了起来，开始对他提防，派了两名亲信太监刘应坤与纪用去宁远监军。皇帝派特务监视部队长官，是历代政治腐败时常常出现的情形。特务干预军事，后果一定极差，所以袁崇焕上疏反对，但抗议无效，特务太监非来不可。朝廷为了安抚他，加他一个兵部右侍郎（正三品，相当于国防部第二副部长）的头衔，并赏银币，子孙世袭锦衣千户。
在这时候，袁崇焕与大将满桂之间，发生了激烈冲突，冲突的原因在于另一个大将赵率教。
满桂和赵率教都是第一流的将领，但性格很不同。[1]满桂是蒙古人，非常戆直，简直有些傻里傻气。赵率教却十分的机伶精乖，相信他一定很会讨好上司，所以每一个辽东统帅自袁应泰、王在晋、孙承宗、高第、以至袁崇焕，个个都很喜欢他（在《碧血剑》小说里，在袁承志周岁时送金项圈的就是他）。
满桂和他本来是非常要好的朋友。当清兵大举来攻宁远时，赵率教在前屯卫镇守，派了一名都司、四名守备带兵来援。当时大敌压境，赵率教自己不来和上司及好朋友共赴患难，所派的援兵又到得很迟，满桂大大不高兴，不许援兵进城，后来因袁崇焕的命令才放他们进来。等到宁远解围，赵率教想分功，满桂不许，又骂他为什么自己不来救援，太没有义气。两人为此大吵。大概满桂的态度十分粗鲁，蒙古三字经骂之不已，说不定还想出拳打人，袁崇焕便袒护赵率教。
冲突转移到了袁、满二人之间，或许满桂对上司不够尊敬，于是袁崇焕要求将满桂调走。[2]
朝廷群臣都知道满桂打仗的本事，但将帅不和总是不对，便依从了。可是经略王之臣极力认为满桂决不可去。朝廷召还满桂的命令已颁下了，于是听了王之臣的主张，再命满桂镇守山海关。袁崇焕坚决不接受。朝廷无法，只得将满桂调回北京，保留左都督原官，派在国防机构办事。
这件事情显然是袁崇焕的蛮子脾气发作，冲动起来，作出了违反理智的决定。由于王之臣袒护满桂，袁崇焕又去和王之臣吵闹。朝廷怕王之臣与袁崇焕不断冲突，坏了大事，于是将指挥权划分为二：关内的部队由辽东经略王之臣指挥，关外部队则由辽东巡抚袁崇焕指挥。经略的官比巡抚大，但这时袁崇焕已不属辽东经略管了。
袁崇焕毕竟是个光明磊落的大丈夫，冷静下来之后，知道是自己的不对，于是上奏请再用满桂。朝廷当然批准，派满桂兼统关内外兵马，赐尚方剑。王之臣和袁崇焕是文官，等于现在的政委；满桂是武将，是部队司令。武将受文官指挥。
幸亏袁崇焕不坚持错误，否则二次宁远大战，就不能得到满桂这样的大将来主持城防。满桂回任后，大概袁崇焕和他修好，表示了歉意。
在这时候，袁崇焕上了一道奏章，提出守辽的基本战略，这道奏章有很大的重要性。其中主张：一、用辽人守辽土；二、屯田，以辽土养军队；三、以守为主，等待机会再出击。他最耽心的事，是立了功劳之后，敌人必定要使反间计，散播谣言，而本国必定有人妒忌毁谤。[3]
他深知明军的战斗力不如清军，野战不利，只有用己之长，所以提出了战术的基本原则：“兵不利野战，只有凭坚城、用大炮一策。”
所统带的部队无力打野战，作为主帅，自然深感棘手。但训练一支善打野战的劲旅，非一朝一夕之功，那是无可奈何的；而对于势所必至的朝臣忌功中伤，更是无可奈何，只有盼望皇帝和大臣们能加以照顾了。